512 - "Inquisition"

Atlantis est présentée à un groupe qui essaye de créer une coalition d'humains de plusieurs planète différente contres les Wraith. Ils ont demandé en particulier à ce que John Sheppard et son équipe - qui a gagné un peu de notoriété dans la galaxie de Pégase pendant ces dernières années - de leur rendre visitent sur une de leurs planètes. Parmi les leaders représentants leurs monde il y a Kelore de Latira, Shiana de La Tribu de Shanthal et Dimas des Peuples Libre de Riva.

Mais quelques temps après que l'équipe soit arrivée, il se trouvent qu'ils ne sont pas ici pour rejoindre une alliance. A la place de ça, la Coalition a d'autres plans pour l'équipe : ils sont ici pour répondre au procès des crimes de l'expédition d'Atlantis dans la galaxie de Pégase. Sheppard est amené à expliquer des choses comme l'existence de Michael, une sorte d'hybride Wraith-Humain et la catastrophique peste des Hoffans qui s'est récemment répandue à travers la galaxie.

Le Major Lorne et son équipe escorte un représentant de la Coalition, Myrus, à travers la porte afin de rencontrer Mr. Woolsey sur Atlantis. Il lui explique la situation, en soulignant que Atlantis avait pris des décisions unilatérales dans leur guerre contre les Wraith qui ont affectés la vie de plusieurs millions de planète. la Coalition a l'intention de leur faire prendre leur responsabilités et de faire respecter la procédure.

Finalement, Woosey décide de voyager jusque la Coalition lui-même, et met ses talents de diplomates en place : il va prendre la défense de l'équipe d'Atantis. Mais les arguments moraux et les torsions politiques viennent juste de commencer - et rien de moins que le futur de l'expédition d'Atlantis est en jeu.