Cela fait 5 ans que l'expédition dirigée par le Docteur Elizabeth Weir est arrivée sur Atlantis. 5 années que les Atlantes sont en guerre contre les Wraiths depuis qu'ils ont appris que la cité était de nouveau habitée. A la suite de nombreuses batailles, les équipes des Atlantes ont pu détruire quelques vaisseaux Ruches, des laboratoires de recherches Wraiths. Une alliance s'est même formée entre un groupe de Wraiths dirigée par Todd. Cette alliance est d'ailleurs plutôt un échange de bons procédés qu'autre chose mais durant plusieurs missions, Todd et son groupe se sont révélés utiles.
Atlantis étant isolée de la Terre et du SG-C pendant 3 ans, le docteur McKay avec le Lieutenant Colonel Carter ont mis au point un pont intergalactique qui permet désormais de relier la Voie lactée à Pégase. Ainsi, depuis 2 ans les contacts entre Atlantis et le SG-C sont désormais possibles.
Alors que les affrontements contre les Wraiths ont diminué en nombre ces dernières semaines, Todd avertit Atlantis qu'un nouvel ennemi a fait son apparition dans Pégase, des créatures qui ne sont pas humaines, des Replicateurs....Todd révèle qu'au temps des Anciens, ils avaient déjà affrontés les Replicateurs, nommés dans Pégase Asurans, et que les Wraiths avaient du créer un code pour neutraliser ces créatures. Mais les Replicateurs se sont réveillés et leur but premier est de détruire les Wraiths. Mais ce n'est pas le seul...Atlantis est également dans leur collimateur.
Weir dirige toujours Atlantis, le Dedale et l'Apollo sont affectés à la défense de la cité. John Sheppard a été promu Lieutenant Colonel.
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